Nicolai Ahlmann blev født på Als og fik en landbrugsuddannelse. I 1857 vendte han tilbage til Als, hvor han købte gården Werthemine i Asserballe. Fire år senere bortforpagtede han gården og bosatte sig i Augustenborg. Efter krigen i 1864 engagerede Nicolai Ahlmann sig i nationalt og politisk arbejde, først som ordfører for "De 47", som gjorde Nicolai Ahlmann landskendt.

I perioden 1867-1874 blev Ahlmann valgt til den preussiske landdag for Sønderborg-Aabenraa kredsen, men han indtog aldrig sin plads i landdagen, idet han og den anden sønderjyske repræsentant H.A. Krüger nægtede at aflægge forfatningseden uden forbehold (den såkaldte edsnægterpolitik). Edsnægterpolitikken var i høj grad Nicolai Ahlmann's værk. Det var ham der skriftligt formulerede de forskellige begrundelser for, hvorfor de sønderjyske landdagsmedlemmer ikke ville aflægge ed.

Ahlmann kunne ikke leve med skuffelserne og nederlagene i det nationale arbejde op gennem 1870'erne og flyttede i 1875 til København, hvorfra han ikke blandede sig i det sønderjyske spørgsmål.